Solo pueden emitir licencias médicas los siguientes profesionales debidamente inscritos y legalmente habilitados en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud de la Superintendencia de Salud:
Médicos cirujanos.
Cirujanos dentistas.
Matronas.

Para médicos cirujanos que obtuvieron o revalidaron su título a partir del 19 de abril de 2009, se exige haber aprobado el Examen Único Nacional de Conocimientos de Medicina (EUNCOM). Este requisito será exigible un año después de la publicación de esta ley.

Los profesionales tienen 90 días corridos desde la publicación de la ley para solicitar su inscripción o actualizar sus antecedentes en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud.

Se establece como la modalidad principal, materializándose en un formulario especial electrónico.
De manera excepcional, se podrán emitir licencias en papel (cuando exista falta de medios tecnológicos o conectividad), o si el profesional fue autorizado previamente por la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN).
El sistema de información para el otorgamiento y tramitación electrónica será fiscalizado y supervisado por la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO). Esta institución podrá dictar normas de carácter general y velando por la protección de datos.

Para emitir licencias médicas con ocasión de atenciones por telemedicina, los profesionales deben estar habilitados para realizar este tipo de atenciones y utilizar una plataforma tecnológica que contemple un registro de atenciones, conforme a la Ley N° 20.584.

Existe un plazo de hasta seis meses desde la publicación de todos los reglamentos y normas técnicas de la Ley N° 21.541 para cumplir con este requisito; de lo contrario, la habilitación caducará.

COMPIN: Podrán solicitar antecedentes o informes complementarios a los profesionales emisores de licencias en un plazo de diez días hábiles. El incumplimiento o la inasistencia injustificada a citaciones puede llevar a multas de diez a cincuenta Unidades Tributarias Mensuales (UTM) y la suspensión de la facultad de emisión de licencias por hasta treinta días hábiles, renovable. En caso de sospecha de falsedad, los antecedentes se remiten al Ministerio Público.

SUSESO (por emisión sin fundamento médico): La SUSESO puede iniciar investigaciones, de oficio o a solicitud de diversas entidades, cuando se emita una o más licencias "con ausencia de fundamento médico", es decir, sin una patología que cause incapacidad laboral temporal o sin una atención de salud asociada.

Las sanciones por este motivo son progresivas y severas:

Suspensión de hasta 180 días de la facultad de otorgar licencias y multa de hasta 140 UTM (puede duplicarse si es reiterado).
Suspensión de hasta un año y multa de hasta 200 UTM en caso de reincidencia dentro de 5 años.
Suspensión de hasta tres años y multa de hasta 350 UTM en caso de segunda reincidencia dentro de 5 años.
Suspensión perpetua de la facultad de otorgar licencias, cancelación del Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud y multa de hasta 600 UTM en caso de tercera reincidencia dentro de 7 años.

Si se acreditan antecedentes de falsedad, la SUSESO también debe remitirlos al Ministerio Público.

Los contralores médicos de una Institución de Salud Previsional (ISAPRE) que rechacen o modifiquen una licencia médica sin justificación o expresión de causa pueden ser denunciados ante la SUSESO.
Las sanciones incluyen multas a beneficio fiscal de hasta 7,5 UTM (que pueden aumentar significativamente con la reincidencia, llegando hasta 90 UTM), y suspensiones de la facultad para visar licencias (de 30 días a un año).
La ISAPRE a la que represente el profesional sancionado será solidariamente responsable del pago de la multa.
Los contralores médicos de COMPINs o unidades de licencias médicas que incurran en la misma conducta serán objeto de un proceso disciplinario por la Secretaría Regional Ministerial de Salud, pudiendo ser destituidos.

La SUSESO debe mantener en su sitio web un sistema de denuncia anónima de mal uso de licencias médicas y un registro público de las sanciones aplicadas.
Los prestadores de salud deberán publicar este registro en sus sitios web y en algún lugar físico del establecimiento.
La SUSESO también debe publicar un registro permanente con el promedio de emisiones de licencias médicas de cada prestador individual, desglosado por día, mes, año y especialidad, actualizado trimestralmente.

Si un profesional emite licencias mientras su facultad para hacerlo está suspendida, se le aplicará una multa inicial de cincuenta UTM, que se incrementará en diez UTM por cada licencia adicional otorgada, hasta un máximo de trescientas UTM.

La SUSESO y las COMPINs pueden requerir antecedentes clínicos y otros datos necesarios a prestadores de salud (públicos o privados) y a los profesionales investigados.

También pueden requerir información a la Tesorería General de la República (sobre pago de multas), al Servicio de Impuestos Internos (sobre documentos tributarios) y a la Policía de Investigaciones de Chile (sobre ingresos y egresos del país de los investigados).

Las Cajas de Compensación y de Asignación Familiar deben informar a la SUSESO sobre cualquier conducta sospechosa que afecte a empresas afiliadas y trabajadores respecto a la tramitación y pago de subsidios por incapacidad laboral.

Se permite el acceso a la Superintendencia de Seguridad Social, contralores médicos de COMPIN y profesionales habilitados para emitir licencias médicas a la ficha clínica del paciente, específicamente en lo relacionado con la condición o patología que originó la licencia.

No se podrá investigar, solicitar antecedentes médicos complementarios o citar a profesionales por licencias médicas emitidas con una antigüedad superior a cinco años. Tampoco se podrán aplicar sanciones después de transcurridos cinco años desde la notificación del inicio del procedimiento sancionatorio o la solicitud de antecedentes.

Aumentan las penas para quien emita licencias médicas falsas: La pena pasa a ser presidio menor en su grado medio a máximo y una multa de trescientas a mil UTM. La inhabilitación especial temporal se extiende para ejercer la profesión de médico cirujano, matrona o cirujano dentista.
Se incorpora una nueva pena para quien use maliciosamente documentos falsos, cualquiera sea la forma en que los haya obtenido: reclusión menor en sus grados mínimo a medio y multa de veinticinco a doscientas cincuenta UTM, con aumento de la sanción en caso de reincidencia.

La ley entró en vigencia desde su publicación (24 de mayo de 2025), aunque el registro público de sanciones y promedios de emisión regirá desde el primer día del segundo mes de publicada la ley, incluyendo sanciones vigentes aplicadas previamente. La SUSESO debe dictar los actos administrativos generales necesarios dentro de 60 días desde la publicación.